Jonathan Frakes wurde am 19. August 1952 in Pennsylvania geboren und entschied sich nach der Highschool für ein Studium der Psychologie. Um sein Studium finanzieren zu können, arbeitete er als Platzanweiser in einem Schauspielhaus. Dort entdeckte er seine Liebe zur großen Bühne, brach sein Studium schließlich ab und wählte stattdessen Theater als Hauptfach. Im Laufe seines Studiums wechselte er an die Harvard University und arbeitete nebenher am Leob Drama Center.

Nach seinem Abschluss an der Harvard University zog es ihn nach New York, wo er versuchte, seine Schauspielkarriere voranzutreiben. Er trat unter anderem am Broadway auf und tourte für Marvel Comics als Captain America durch die USA.

Dem Fernsehpublikum wurde Jonathan Frakes durch die Serie „The Doctors“ bekannt, in der er die Rolle des Tom Carroll spielte. Nachdem er seinen ersten Fernsehauftritt erfolgreich hinter sich gebracht hatte, ließ er Los Angeles zu seiner neuen Heimatstadt werden und ergatterte dort einige Serien- und Theaterauftritte sowie unzählige Gastrollen.

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Größere Bekanntheit erlangte Frakes im Jahr 1987, als er in dem TV-Mehrteile „Fackeln im Sturm“ die Rolle des Stanley Hazard verkörperte. Am Set der Miniserie lernte er außerdem seine Frau Genie Frances kennen (ganz links im Bild). Das Paar ist seit 1988 verheiratet und hat mittlerweile zwei Kinder, Sohn James Ivor sowie Tochter Elizabeth Francis.